Soud zrušil ta ustanovení, která zákazníkům zakazují vstoupit do provozoven stravovacích služeb, hudebních, tanečních, herních a podobných společenských klubů a diskoték, heren a kasin a využít krátkodobých a rekreačních ubytovacích služeb, pokud nesplní podmínky, které odpůrce označuje jako tzv. bezinfekčnost. Těmito podmínkami jsou buď ukončené očkování nebo prodělání onemocnění covid-19 v posledních 180 dnech. Pouze výjimečně je možné prokázat se i PCR testem.

Zrušení se netýká podmínky, že do těchto provozoven nesmí vstupovat osoby vykazující klinické příznaky onemocnění covid-19. Zákonností této části opatření se soud nezabýval, neboť se navrhovatelka jejího zrušení nedomáhala. Tato podmínka proto zůstává i nadále v platnosti.

Předseda senátu Petr Mikeš k důvodu zrušení daných částí uvedl: "Nejvyšší správní soud již v minulosti uvedl, že Ministerstvo zdravotnictví nemá oporu pro omezování tohoto typu provozoven v tzv. pandemickém zákoně, nejde-li o technická opatření, jako je například používání desinfekce či rozmístění míst k sezení. Jejich činnost by ministerstvo mohlo omezit jen podle zákona o ochraně veřejného zdraví, nicméně to jen vůči osobám podezřelým z nákazy."

Soud však také již v minulosti uvedl, že podezřelým z nákazy bez dalšího nemůže být každý. To by bylo přípustné jen tehdy, pokud by bylo možné považovat celou ČR za tzv. ohnisko nákazy, což však musí Ministerstvo zdravotnictví tvrdit a prokázat.

Soud návrhu nevyhověl v části, ve které se navrhovatelka domáhala zrušení prokazování tzv. bezinfekčnosti obecně, tedy i pro ty služby a akce, které Ministerstvo zdravotnictví regulovat podle pandemického zákona může, např. pokud jde o obchodní provozovny, obchodní centra, kadeřnictví nebo bazény. Ohledně této části však soud upozorňuje, že nejde o konečné posouzení této otázky. Soud se totiž zákonností mimořádných opatření může zabývat jen z důvodů v návrhu uváděných, které se navíc bezprostředně dotýkají navrhovatele. Navrhovatelka neprokázala, že by prodělala onemocnění covid-19, proto se soud nemohl zabývat jejími námitkami týkajícími se údajné diskriminace osob s prodělaným onemocněním, na které se tzv. bezinfekčnost vztahuje jen po 180 dnů, oproti očkovaným, kteří splňovali podmínku tzv. bezinfekčnosti po neomezenou dobu. Navrhovatelka také relevantně nezpochybnila východiska Ministerstva zdravotnictví, že očkovaní se méně pravděpodobně nakazí a pokud se tak stane, šíří menší množství viru, ani to, že neočkovaným hrozí vážnější riziko těžkého průběhu onemocnění, včetně hospitalizace.

Předseda senátu k tomu uvedl: "Ministerstvo je oprávněno podle tzv. pandemického zákona přijímat opatření nejen pro zabránění šíření epidemie covid-19, ale i pro její zvládání. To v sobě zahrnuje i situaci pouhého snížení šíření nemoci, ale také zmírnění nejvýznamnějších dopadů epidemie, mezi které v prvé řadě patří riziko přetížení systému zdravotní péče."Pokud tedy navrhovatelka nezpochybnila, že u osob očkovaných a těch, které onemocnění prodělaly, je výrazně nižší riziko hospitalizace, pak nelze dospět k závěru, že by byla ve srovnatelném postavení jako tyto osoby, i kdyby se na přítomnost viru testovala. Testování totiž může prokazovat nízké riziko toho, že je daná osoba nakažená, ale pokud se nakazí od jiného, pak je u ní vyšší riziko, že se bude podílet na přetížení zdravotního systému.

Soud však zároveň konstatoval, že toto odlišné zacházení může být uplatňováno jen v nezbytném rozsahu, který odpovídá těm odborným poznatkům o účincích očkování, které přispívají ke zvládání epidemie covid-19.

Soudce Petr Mikeš k tomu dodal: "Cílem opatření však nemůže být nepřímo donutit občany k očkování. Tím by se totiž z dobrovolného očkování stalo prostřednictvím mimořádného opatření očkování povinné, neboť osobám neočkovaným by nezbývalo nic jiného, než se nechat naočkovat, pokud by chtěli běžně žít."

Soud proto například odmítl argument Ministerstva zdravotnictví, že osoby, u kterých bylo již s očkovacím schématem započato, mohou tzv. bezinfekčnost prokázat testem i z důvodu, že zahájením očkování proklamují svůj zodpovědný postoj vůči ochraně sebe sama i ochraně společnosti. Jako přípustný však v tomto směru shledal argument, že efektivní ochrana očkování nastupuje již relativně krátce po aplikaci první dávky.

Nejvyšší správní soud upozorňuje, že proti témuž opatření byly podány i návrhy, které zpochybňují odborné závěry ministerstva, pokud jde o účinky očkování. Nelze proto vyloučit, že pokud by soud shledal jejich důvodnost, mohl by zrušit i tuto část opatření. Soud zároveň ministerstvo upozornil, že při přijímání nových opatření musí vycházet z aktuálních vědeckých poznatků, včetně informací o variantě omikron.

Nejvyšší správní soud zrušil mimořádné opatření s odloženou účinností o 7 dní od jeho právní moci. Pokud si oba účastníci vyzvednou rozsudek dnešního dne, pak by účinky zrušení příslušných částí mimořádného opatření nastaly k půlnoci příští středy. K odložení účinnosti soud přistoupil z toho důvodu, že si je vědom aktuální epidemické situace, jejíž zvládání je v rukou moci výkonné, nikoliv soudní. Ministerstvo zdravotnictví by za současného znění pandemického zákona obdobnou právní úpravu mohlo přijmout jen tehdy, pokud by byly naplněny podmínky zákona o ochraně veřejného zdraví. Muselo by tedy tvrdit a prokázat, že podezřelým z nákazy může být každý na území ČR. Pokud tyto podmínky splněny nejsou, pak je na vládě, aby rozhodla, zda je bez této regulace schopna pandemii zvládat nebo zda tomu tak není, a při splnění dalších podmínek to je důvod pro vyhlášení nouzového stavu a přijetí obdobné regulace prostřednictvím krizového opatření vlády.